Manajemen madrasah diperkuat oleh Kepala Madrasah Tsanawiyah (MTs) Firda Ayu Triyani, S.Pd., dan Kepala Madrasah Aliyah (MA) Achmad Agus Miftach, S.Pd., yang keduanya merupakan sarjana di bidang manajemen pendidikan dan pendidikan Islam. Sementara itu, posisi pengasuh ponpes dan madrasah diniyah (madin) diampu oleh Bu Nyai Niswaturrohmah, Kyai Abdillah, dan Kyai Nurkholis, yang merupakan para hafiz-hafizah bersanad.
Langkah nyata dari program “Madrasah Integrasi” Al-Ikhlas Krapyak ini dituangkan ke dalam sejumlah program unggulan, di antaranya tahfidz Al-Qur’an dan keterampilan kitab kuning. Para siswa didorong secara intensif untuk menguasai Al-Qur’an mulai dari aspek tahsin, tajwid, hingga target hafalan (tahfidz).
Sebagai penunjang, pembelajaran kitab turats (kitab kuning) karya ulama terdahulu yang menjadi rujukan keilmuan Islam juga digalakkan. Para asatidz menggunakan metode Amsilati, sebuah metode akseleratif yang memudahkan siswa dalam membaca dan memahami kitab gundul secara cepat.